Akhirnya Mullen dilantik pada tanggal 1 Oktober 2007. Dia juga terpilih kedua kalinya untuk menjabat sebagai ketua gabungan kepala staf pada oktober 2009. Karir Mullen berakhir dengan berakhirnya musim panas disertai dengan masalah yang belum terselesaikan di Afghanistan.
Afghanistan memang telah menyisakkan masalah dibenak para jendral Amerika Serikat. Sekian banyak pergantian jabatan para Jendral dan juga berbagai strategi militer diterapkan untuk menangani masalah Afghanistan dan apa yang mereka sebut sebagai terorisme, namun tak membuahkan hasil bahkan menuai kegagalan dan kekalahan.
Berapa banyak kerugian yang dialami AS untuk menggelar perang di Afganistan. Ada sekitar ribuan dari pihak milter AS yang tewas di Aghanistan tiap tahunnya, sabagaiman yang dilansir oleh boston.com. Sedangkan Imarah Islam Afghanistan (IIA) dalam analisa mingguannya, menyampaikan bahwa ada sesuatu lelucon yang disampaikan oleh mantan ketua gabungan kepala staf ini. Dia menuduh bahwa pihak Pakistan (ISI) mendukung dan melindungi Haqqani, yang beliau adalaha yang menjadi salah satu dari anggota Majlis Syuro Imarah Islam Afganistan.
"Dalam Haqqani adalah kelompok pemberontak yang paling ganas, kelompok teroris di Pakistan dan pendukung besar Al-Qaeda.Kami kehilangan warga sipil Afghanistan, tentara Afghanistan, dan kita kehilangan tentara Amerika karena jaringan Haqqani "kata Mullen, pensiun dari Kepala Staf Gabungan, CNN.
Dikesempatan lain ia juga menyampaikan "Tapi intensitas kejadian-kejadian terakhir dan dukungan strategis yang ISI dan militer Pakistan keduanya memberikan ke jaringan Haqqani langsung maupun tidak langsung, adalah apa yang saya terfokus pada," kata Mullen dalam membela sambutannya sebelum Senat Komite Angkatan Bersenjata bulan lalu di mana ia mengatakan bahwa ISI digunakan jaringan Haqqani sebagai "lengan benar".
Obama telah mengantikan posisi Mullen dengan Jendral Martin E Dempsey menjadi ketua gabungan kepala staf. Ia dari Angkatan Darat dan sempat dikirim ke Baghdad tahun 2003 untuk menstabilkan wilayah ibu kota Irak tersebut. Entah bagaimana nasib Martin kedepan dalam menghadapi masalah Afghanistan.
sumber
